Τα βιολογικά τρόφιμα είναι εκείνα που παράγονται βάσει συγκεκριμένων προτύπων που, μεταξύ άλλων, περιορίζουν τη χρήση χημικών και φαρμάκων στη συγκομιδή και τη ζωική παραγωγή και δίνουν έμφαση στην προστασία του περιβάλλοντος.Υπάρχει μέριμνα για την ευζωία των ζώων καθώς και για την υποχρεωτική τους πρόσβαση των ζώων σε βοσκοτόπους,κάτι που είναι αδιάφορο για την συμβατική γεωργία όπου τα ζώα πολύ συχνά δεν βλέπουν το φώς του ήλιου.Η χρήση βιολογικών ζωοτροφών είναι υποχρεωτική καθώς και η απουσία απο υπολείμματα φυτοφαρμάκων στο τελικό προϊόν.Στην συμβατική πάλι γεωργία η ζοωτροφές δεν υπόκεινται σε κανένα έλεγχο και τα φυτοφάρμακα επιτρέπονται κάτω των κάτω των ανωτάτων +-ορίων (MRLs) που ορίζει η νομοθεσία για κάθε είδος τροφίμου.
Η βιολογική γεωργία ευνοεί την ανακύκλωση, τη φυσική ισορροπία, την υψηλότερη γονιμότητα του εδάφους, τη διατήρηση των οικοσυστημάτων και τη μείωση της ρύπανσης, αφού επιστρέφει στο έδαφος τα θρεπτικά συστατικά των βιολογικών καταλοίπων.
Στη ζωική παραγωγή οι διαφορές μεταξύ της βιολογικής και της συμβατικής διαχείρισης είναι ακόμα μεγαλύτερες. Η μεγαλύτερη έμφαση που δίνεται στις Βιολογικές Εκτροφές είναι στην διατήρηση της ευζωίας των αγροτικών ζώων η οποία συνεπακόλουθα συμβάλλει τα μέγιστα στο να λαμβάνουμε εξαιρετικά ζωικά προϊόντα τόσο από πλευράς ποιότητας όσο και από πλευράς ασφάλειας τροφίμων. Τα βιολογικά εκτρεφόμενα ζώα τρέφονται κυρίως με βοσκή και συμπληρωματικά με ζωοτροφές βιολογικής προέλευσης.
Οι βοσκότοποι εξασφαλίζουν επάρκεια τροφής για τα ζώα ενώ αποφεύγεται και η υπερβόσκηση, δηλαδή η σταδιακή καταστροφή των βοσκοτόπων. Στους στάβλους τα ζώα έχουν μεγάλη άνεση χώρου και ελεύθερη πρόσβαση σε προσκείμενους υπαίθριους χώρους, ενώ υπάρχει πάντα διαθέσιμη τροφή και νερό. Η προληπτική χορήγηση αντιβιοτικών απαγορεύεται. Η χρήση ορμονών και αυξητικών παραγόντων απαγορεύεται. Συνήθεις ζωοτεχνικές πρακτικές όπως δέσιμο των ζώων, κόψιμο ουράς, ραμφών για τα πτηνά, ευνουχισμοί, κ.α. δεν επιτρέπεται να εφαρμόζονται συστηματικά και αν κριθεί σε περιπτώσεις απαραίτητο, πραγματοποιείται με ευθύνη κτηνιάτρου.